Voda ako prostredie je prirodzeným miestom výskytu vírusov a baktérií. Najčastejšie sa mikroorganizmy objavujú v studniach, ktoré sú umiestnené v blízkosti polí a nevhodne umiestnených vonkajších toaliet. Často sa vyskytuje aj nedostatočné utesnenie studne, ktoré umožňuje nečistotám vstúpiť do nej počas dažďa a spôsobiť znečistenie.
V prípade verejnej vody je výskyt baktérií ojedinelý, pretože vodárne dezinfikujú vodu pomocou chlóru. Ak je vodovodné potrubie umiestnené vedľa kanalizačného potrubia, pri prasknutí potrubia môže dôjsť k situácii, že preniknú nečistoty. V takomto prípade sa vodárne snažia zvýšiť množstvo chlóru na dezinfekciu vody.
Na likvidáciu vírusov a baktérii v studničnej vode sa využíva:
- Dávkovanie chemikálií (napr.:chlór)
- UV lampy (prístroj, ktorý šterilizuje mikroorganizmy pri prietoku)
- Nano, alebo revezno osmotická filtrácia (Na celú domácnosť, je veľmi nákladná, preto je odporúčaná iba ako lokálna úprava vody napr. na jeden kochútik na konzumáciu).